子宫内膜异位症的病灶发生在卵巢上亦可形成囊肿，因囊肿内含有暗褐色粘糊状陈旧血，似巧克力，故也称卵巢巧克力囊肿，它通常表现为痛经，随着每次月经来潮，囊肿内血液逐渐增加，囊肿逐渐增大，有时甚至破裂。卵巢巧克力囊有虽不是肿瘤，但由于有痛经亦影响生育，患者常常很痛苦，故一旦怀疑卵巢巧克力囊肿，宜尽早就医药物治疗及手术。
　　还有一种情况是卵巢肿瘤，分良性与恶性。良性肿瘤通常表现为单侧囊肿、活动、表面光、生长缓慢。恶性肿瘤表现为双侧性或单侧性，实性或囊实性，表面高低不平。但有时良恶性肿瘤在临床上很难区分。必须手术后经病理检查才能最后区分，所以一旦怀疑为肿瘤宜尽早手术.
      卵巢是女性独有的一对性腺器官，4厘米×3厘米×1厘米大小，呈扁随圆形，位于盆腔内子宫两侧旁，它的主要功能是产生卵子和女性激素，与女性的生理周期及生儿育女密切相关。
   　像体内其他许多器官一样，卵巢也会发生一些病变，其中比较常见的是卵巢增大，发生囊肿。当囊肿较小时可无症状，而长到较大时可出现下腹不适感，如囊肿超出盆腔，患者自己能在下腹部摸到肿块。囊肿发生扭转或破裂时会出现急腹症（主要表现为急性腹痛，有的伴有恶心呕吐、体温升高等，严重的甚至休克）。那么，一旦发生了卵巢囊肿是否需要开刀呢？对此许多女性顾虑重重，既怕开刀影响卵巢功能，又怕不开刀囊肿恶化变癌。
 　 如果囊肿较大或出现急腹症时，则必须手术；反之囊肿较小，直径不超过5厘米，则要视情况而定。发生卵巢囊肿后，首先要弄清囊肿的性质，是生理性的还是病理性，是良性的还是恶性的。
　  在卵巢囊肿中比较常见的一类是瘤样病变，其中最常见的卵巢滤泡囊肿和黄体囊肿，为生育年龄多见，一般直径小于5厘米，壁薄，其大小与月经周期有关，通常在月经中期后逐渐长大，而在月经来潮后缩小或消失，囊肿多数在2个月内消失，可不予特殊处理。如随访1-2个月经周期无缩小甚至增大，则应考虑卵巢肿瘤可能，需进一步检查。